Родился 17 марта 1963 года в рабочей семье, вырос и получил образование в городе Великие Луки Псковской области, где в 1982 году с отличием окончил строительный техникум.

В 1986 году Евгений Михайлов поступил и в 1991 году с отличием окончил исторический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова, затем учился в аспирантуре кафедры истории России XIX - начала XX века.

В 1990 году Евгений Михайлов был выдвинут кандидатом на первых свободных альтернативных выборах в Моссовет, и избран депутатом. Будучи секретарем комиссии Моссовета по бюджетно-финансовой политике на постоянной основе, Евгений Михайлов, совмещал работу с учебой

С 1993 года, начиная с программной статьи в первом номере партийной газеты "Правда Жириновского", Евгений Михайлов участвовал в работе ее редакции, став впоследствии заместителем главного редактора.

В декабре 1993 года, после известных октябрьских событий, результатом которых стал разгон Верховного Совета РФ и Моссовета, баллотировался по одномандатному округу на выборах в первую Государственную Думу Российской Федерации и был избран депутатом от Псковской области. Работал в Комитете по бюджету, банкам и налогам. В 1995 году вновь баллотировался на выборах в Государственную Думу и был избран депутатом по региональному списку от Псковской, Новгородской и Калининградской областей. Продолжал работу в Комитете по бюджету, банкам и налогам, особое внимание уделял при этом проблемам своего округа, разрешению многих из которых эффективно способствовал. Редактировал популярную партийную региональную газету "Русский Запад". В 1995 году издал книгу "Бремя имперской нации", в которой изложил свое концептуальное понимание дальнейшего развития России на основе идеологии русского либерализма.

Евгений Эдуардович Михайлов в ноябре 1996 года избран Главой Администрации от ЛДПР.

В связи с тем, что политическая ситуация в России за последние годы коренным образом изменилась, губернатор Псковской области стал членом межрегионального общественного политического движения "Единство" и возглавил областное отделение этого движения, сегодня член Президиума областного Политсовета "Единой России". Евгений Михайлов неоднократно заявлял, что этот шаг обусловлен необходимостью консолидации политических и общественных сил России вокруг единого лидера, Президента РФ Владимира Путина.

В ноябре 2000 года в результате выборов Главы Администрации Псковской области Евгений Михайлов был повторно избран на пост губернатора. Медиа-ресурсы: ежедневная областная газета "Псковская правда", еженедельная областная газета "Вече" (тираж 26 тыс.), производящая компания TV.com.

С 2006 по 2012 г. - помощник Руководителя Администрации Президента, работал по линии Госсовета.

В 2013 г. был Генеральным директором НИЦ "Строительство".

В 2014 г. был в Донецке, сначала советником А.Пургина, позже министром ДНР - Управляющим делами СМ ДНР.

В настоящее время Председатель совета директоров ООО "Еврокерамика" (Печоры).